seibase

2015年7月29日水曜日

blast

http://bi.biopapyrus.net/seq/blast/

blastn 入力された核酸配列と相同性を持つ核酸配列をデータベースから検索します。
blastp 入力されたアミノ酸配列と相同性を持つアミノ酸配列をデータベースから検索します。
blastx 入力された核酸配列を6通りのアミノ酸配列に翻訳し、そのアミノ酸配列と相同性を持つものをデータベースから検索します。
tblastn 核酸データベースを6通りのアミノ酸配列に翻訳してから、入力されたアミノ酸配列と相同性を持つものを翻訳後の核酸データベースから検索します。
tblastx 入力された核酸配列を6通りに翻訳し、また核酸データベースも6通りに翻訳します。それから、翻訳された入力配列と相同性をもつ配列を翻訳された核酸データベースから検索します。

tblastx -db /XXX/XXX/XXX -query ./YYYYYY.fa -out ./temp.txt -outfmt 6 -num_threads 40

makeblastdb

http://bi.biopapyrus.net/seq/blast/makeblastdb.html

-max_file_sz

makeblastdb -in XXXXX.fa -out <DATABASENAME> -dbtype nucl -max_file_sz 10000000000 -parse_seqids

MedDRA

https://www.pmrj.jp/jmo/php/indexj.php
http://www.meddra.org/how-to-use/support-documentation/japanese

2015年7月28日火曜日

mount

su -

cd /

mkdir /cifsserver

mount -t cifs //10.111.0.150/Share /terastation/

umount /cifsserver

umount -l /cifsserver ※busyとなりアンマウントできない場合

rm -r /cifsserver ※再マウントしない場合

2014年4月20日日曜日

SSDの寿命を確認する方法のメモです。

Intel® Solid-State Drive Toolboxをインストール
https://downloadcenter.intel.com/Detail_Desc.aspx?lang=jpn&DwnldID=18455

Update機能は入れませんでした。なんとなく。

Intel以外のSSDでは使えないので注意です。

Crystal Disk Infoでチェックすることもできるようです。
http://crystalmark.info/

2014年3月24日月曜日

CurveExpert

CurveExpertを使ってみた。（2014/3/24時点）

http://www.curveexpert.net/download/にアクセスする
[Download CurveExpert Basic 1.4 (evaluation edition)]からダウンロードする
とりあえず、デフォルトでインストールして、起動する
Open -> ETA.DAT を読み込んでみる
Apply Fit -> Quadratic... をクリックして、ポップアップを表示する
Info をクリックすると数式が見える

参考

http://jglobal.jst.go.jp/public/20090422/201102299354494260

2014年3月17日月曜日

環境構築のまとめ

新しくパソコンを買い換えた場合、開発者は環境構築に追われることになります。仮想化やクラウドの技術を活用することで昔に比べると楽になりました。それでも、いくつかの作業は残ることになりますので、備忘録として残しておきたいと思います。（Windowsバージョン）

古いパソコンから必要な資源をコピーする
Chromeをインストールする　※メイン
Firefoxをインストールする　※検証用や共用アカウント用
Paint.NETをインストールする
JDKをインストールする
Rをインストールする
1. install.packages(available.packages()[,1])　※CPAN全PKGインストール
2. source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
3. biocLite(all_group())　※Bioconductor全PKGインストール
Wekaをインストールする

http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/

（2014/3/17執筆中）

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