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2015年7月29日水曜日

blast

http://bi.biopapyrus.net/seq/blast/

blastn 入力された核酸配列と相同性を持つ核酸配列をデータベースから検索します。
blastp 入力されたアミノ酸配列と相同性を持つアミノ酸配列をデータベースから検索します。
blastx 入力された核酸配列を6通りのアミノ酸配列に翻訳し、そのアミノ酸配列と相同性を持つものをデータベースから検索します。
tblastn 核酸データベースを6通りのアミノ酸配列に翻訳してから、入力されたアミノ酸配列と相同性を持つものを翻訳後の核酸データベースから検索します。
tblastx 入力された核酸配列を6通りに翻訳し、また核酸データベースも6通りに翻訳します。それから、翻訳された入力配列と相同性をもつ配列を翻訳された核酸データベースから検索します。

tblastx -db /XXX/XXX/XXX -query ./YYYYYY.fa -out ./temp.txt -outfmt 6 -num_threads 40

makeblastdb

http://bi.biopapyrus.net/seq/blast/makeblastdb.html

-max_file_sz

makeblastdb -in XXXXX.fa -out <DATABASENAME> -dbtype nucl -max_file_sz 10000000000 -parse_seqids

MedDRA

https://www.pmrj.jp/jmo/php/indexj.php
http://www.meddra.org/how-to-use/support-documentation/japanese

2015年7月28日火曜日

mount

su -
cd /
mkdir /cifsserver
mount -t cifs //10.111.0.150/Share /terastation/
umount /cifsserver
umount -l /cifsserver ※busyとなりアンマウントできない場合
rm -r /cifsserver ※再マウントしない場合